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焦點播報:諾獎獲得者談——如何通過古基因探索遠(yuǎn)古人類歷史

發(fā)稿時間:2022-10-21 17:03:10 來源: 北京日報

北京晚報·五色土 | 作者 尹傳紅

從4萬年前的骨骼中提取遺傳物質(zhì),構(gòu)建起完整的尼安德特人基因組,通過古人類基因去探索遠(yuǎn)古人類歷史、理解人類的本質(zhì),神奇!


(資料圖片僅供參考)

因在“關(guān)于已滅絕人類基因組和人類進(jìn)化的發(fā)現(xiàn)”方面作出貢獻(xiàn),瑞典生物學(xué)家、進(jìn)化遺傳學(xué)家斯萬特·帕博,一人獨享了2022年的諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎。

帕博,一門新興學(xué)科——古遺傳學(xué)的開創(chuàng)者,他稱尼安德特人基因組項目“就像科幻小說一般”。

斯萬特·帕博與他的中國博士生付巧妹。2016年《自然》選出十位“中國科學(xué)之星”,付巧妹在列。帕博在接受《自然》采訪時,稱她為“最棒的學(xué)生之一”。付巧妹曾參與尼安德特人、丹尼索瓦人基因組項目(《尼安德特人》一書多處提及),現(xiàn)任中國科學(xué)院古脊椎動物與古人類研究所分子古生物學(xué)實驗室主任。

“新人谷中的人”

在達(dá)爾文《物種起源》出版的前3年,1856年8月的一天,兩名采石工人在德國杜塞爾多夫以東約10千米處的一個石灰?guī)r洞穴清理碎石時,起出了一片骨盆、一個眉棱隆起的頭顱骨以及一具骸骨的其他部分的化石。領(lǐng)班看了,判定是一頭洞熊的遺骨,但他又覺得有點兒特別,于是就拿了去,讓一名當(dāng)?shù)亟處熂鏄I(yè)余博物學(xué)家鑒定。后者立刻認(rèn)出,這些是不同于現(xiàn)存人類物種的遺骨。

發(fā)掘出遺骨的地方叫尼安德谷(Neander Valley),它是依照17世紀(jì)德國作曲家兼詩人喬基姆·紐曼(Joachim Neumann)的姓氏命名的,其中 Neumann 相當(dāng)于英文中的Newman(新人的意思)。幾年后,此地發(fā)現(xiàn)的那些遺骸被鑒定為屬于一種已經(jīng)滅絕的古人類——“尼安德特人”(Neandertal)。英文詞按字面直譯就是“新人谷中的人”,一語雙關(guān)的意味。

尼安德特人的亮相震驚了博物學(xué)界。不久,歐洲大陸又有多個地方開始出土這些所謂的“穴居人”的遺存。乍一看,確實太像人類了。但在解剖學(xué)上,尼安德特人卻與現(xiàn)代人類非常不同,也與大約同時期生活在歐洲其他地方的早期現(xiàn)代人類不同。他們似乎是一種更像野獸的“土著”。

20世紀(jì)初在法國圣沙拜爾出土的一具化石,讓西方人對尼安德特人更抱有負(fù)面的看法。這具化石有著完整的頭骨、軀干與四肢,科學(xué)家推測這是一個外形粗鄙、步履蹣跚的佝僂老人。英國作家、《時間機(jī)器》的作者赫伯特·威爾斯在20世紀(jì)20年代出版的《歷史大綱》一書中,對尼安德特人有這樣一番描述:“它的厚顱骨束縛了它的腦,額頭低,像野獸?!边@些,代表了當(dāng)時標(biāo)準(zhǔn)的尼安德特人形象:丑陋、粗壯、笨拙。過去,若是對一個歐洲人說他“長得像尼安德特人”,那就相當(dāng)于說他是一個未開化的野人。

可是,多年來考古遺址的發(fā)掘結(jié)果卻告訴我們,相較任何現(xiàn)今的猿類,尼安德特人與我們更相像。

用于尼安德特人基因組測序的骨頭

帕博帶領(lǐng)的一個研究團(tuán)隊,曾對黑猩猩基因組中的大量DNA片段進(jìn)行了測序。結(jié)果表明,在我們?nèi)祟惻c黑猩猩共有的DNA序列中,只有略高于1%的核苷酸存在差異。帕博相信,尼安德特人肯定比這個結(jié)果更接近于我們?nèi)祟?。就演化史而言,尼安德特人?yīng)該是最接近于當(dāng)今所有人類的近親。

一直以來,尼安德特人存在著許多謎團(tuán),譬如他們?yōu)槭裁丛诖蠹s3萬年前就消失了?他們到底是不是人類的祖先?他們與人類有沒有血緣上的關(guān)系?他們是否是人類家族演化分支中走入末路的一個物種?帕博斷言,研究我們與尼安德特人在遺傳上有何不同,將有助于我們尋找是什么讓當(dāng)今人類的先祖與地球上的其他生物分開。這也將關(guān)涉研究人類歷史上最基本的部分——現(xiàn)代人類的生物起源,所有現(xiàn)代人類的直接祖先。

尼安德特人模式標(biāo)本的右上臂骨

匪夷所思的“采樣”

2014年出版的《尼安德特人》中,帕博回顧了自己的研究歷程。話說這帕博,13歲那年隨他身為化學(xué)家的母親卡琳·帕博去了一趟埃及,就迷上了那里的古老歷史和文物,有志于成為一名埃及古文物學(xué)者。但后來他發(fā)現(xiàn)這個領(lǐng)域發(fā)展太慢,不是他想要的那種職業(yè)生活,便斷了念想。受其父親蘇內(nèi)·貝里斯特倫(因前列腺素和相關(guān)生物活性物質(zhì)的發(fā)現(xiàn)而獲1982年諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎)的影響,他進(jìn)了瑞典烏普薩拉大學(xué)的醫(yī)學(xué)院。

《尼安德特人》 斯萬特·帕博 浙江教育出版社

在攻讀遺傳學(xué)博士學(xué)位期間,帕博致力于研究某些感冒病毒是如何躲過免疫防御的。然而,他念念不忘的古文物時不時地總會闖入他心里。只要有時間,他就去埃及學(xué)研究所聽課。在那里,他結(jié)識了來自芬蘭的埃及古文物學(xué)者羅斯季斯拉夫·霍爾特爾,兩人成了無話不談的知心好友。

某天在跟羅斯季斯拉夫聊天時,帕博又感慨,腳踏兩只船讓他很糾結(jié):雖然他熱愛埃及古文物,但卻很難看到這行當(dāng)?shù)奈磥?,而自己同時也喜歡分子生物學(xué),它倒是可以不斷提升人類的福祉。

接著他又向他這位耐心的聽眾解釋新興的DNA技術(shù)所能做的事:科學(xué)家如何確定外源基因的四個核苷酸序列,如何發(fā)現(xiàn)兩個個體或兩個物種 DNA序列之間的差異。兩個序列越相似(即兩者之間的差異越少),兩者之間的關(guān)系就越密切。事實上,透過共有突變的數(shù)量,我們不僅可以推斷在數(shù)千年和數(shù)百萬年間,特定的序列如何從共同祖先的DNA序列演變而來,而且還可推斷出這些祖先DNA序列存在的大致年月。

例如,在1981年的一項研究中,英國分子生物學(xué)家亞歷克·杰弗里斯分別分析了一個人類和猿類血液中的血紅素蛋白基因的DNA序列,并推斷出該基因何時開始在人類和猿類中獨立演化。話說到這兒,帕博解釋說,此方法可能很快就會應(yīng)用在許多基因上,任何物種的許多個體都有這些基因。這樣,科學(xué)家就能確定過去不同物種之間的親緣關(guān)系以及它們何時開始各自的演化。這種方法,要比形態(tài)學(xué)或化石研究更為可靠。

就在帕博自說自話,向羅斯季斯拉夫叨咕這一切時,一連串問題逐漸浮現(xiàn)在他的腦海中:這種方法只能用于測序當(dāng)今人類及動物的血液或組織樣本中的DNA嗎?能不能用于測序那些埃及木乃伊的DNA呢?DNA分子會不會在木乃伊中留存下來?是否有可能通過研究古DNA序列,從而闡明古埃及人彼此之間以及與現(xiàn)今人類之間是否關(guān)聯(lián)呢?如果可以做到,那么我們便可以回答埃及學(xué)研究中常規(guī)方法所無法回答的問題。

隨后發(fā)生的事情真是匪夷所思:1983年夏,帕博在羅斯季斯拉夫的牽線幫助和密切配合下,“偷偷地”從當(dāng)時存放在東柏林一家博物館的木乃伊身上“拿”到了人體組織樣本。這是一具2400年前的木乃伊(差不多是亞歷山大大帝征服埃及時期生成),帕博從其斷裂處截了一小塊肌肉組織,進(jìn)行DNA提取。他最終獲得了成功——這是人類第一次從兩千多年前的遺體中分離出DNA,相關(guān)研究成果發(fā)表在1985年的《自然》雜志上?!蹲匀弧吩诳鲞@篇論文的同時,還特意設(shè)計了一幅DNA序列巧妙環(huán)繞木乃伊的封面插畫。

有趣的是,在給《自然》投寄那篇論文之前,帕博帶著些許惶恐,去拜訪他的論文導(dǎo)師彼爾·帕特森,報告了他未經(jīng)請示就做的事情,并問詢其是否愿意以導(dǎo)師身份,和他一起成為論文的共同作者。結(jié)果,“顯然,我想多了。他不僅沒有責(zé)備我濫用科研經(jīng)費和浪費寶貴的時間,似乎還很高興。他答應(yīng)看論文,但拒絕掛名共同作者,原因很明顯,他之前完全沒意識到有這項研究?!?/p>

古老基因仍存于今天人類中

博士畢業(yè)后帕博馬上就迎來了他職業(yè)生涯的轉(zhuǎn)折點??稍诋?dāng)時,他一度感到彷徨、猶豫。身邊的朋友們都認(rèn)為他對木乃伊DNA的興趣是一種古怪的嗜好,最終會與嚴(yán)肅的工作漸行漸遠(yuǎn),無法為未來的研究奠定堅實的基礎(chǔ)。他也不知道堅持主流的病毒學(xué)研究,而把“分子考古學(xué)”作為一種業(yè)余愛好,是否不切實際。

不過,1986年在分子遺傳學(xué)研究圣地——美國長島的冷泉港實驗室召開的計量生物學(xué)研討會,改變了這一切。

由于那篇發(fā)表在《自然》上的論文,帕博受邀與會,并就有關(guān)木乃伊的研究做了報告。會上,他見到了聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)技術(shù)的發(fā)明者凱利·穆利斯(1993年諾貝爾化學(xué)獎得主)。穆利斯在結(jié)束報告時指出,可大量擴(kuò)增古代生物組織中微量DNA的PCR技術(shù)非常適合研究木乃伊。

帕博備受鼓舞,迫不及待地想回實驗室試試看。其時,他已拿定主意,放棄看起來很有前途的醫(yī)學(xué)研究職業(yè)生涯,把人類演化史作為他最終的研究追求。他將致力于開發(fā)一種新穎且準(zhǔn)確的方法,來研究埃及和其他地方的人類歷史。甚至,重建DNA——勾連起遠(yuǎn)古時期人類和非人類的生物學(xué)、歷史和進(jìn)化歷程。

1990年,帕博入職德國慕尼黑大學(xué)動物學(xué)研究所,開始了自己獨立的研究生涯。1994年,帕博發(fā)表了距今5萬年的猛犸象的首批DNA測序結(jié)果。他們的研究表明,4頭猛犸象的DNA序列之間有著很多不同。此結(jié)果不僅可以明確猛犸象和如今尚存的兩個同類物種——亞洲象和非洲象之間的關(guān)系,也可追蹤更新世晚期和約4000年前猛犸象滅絕的歷史。

古DNA研究曙光初顯,一個更廣闊的天地展現(xiàn)在帕博面前。

到了1996年,帕博已經(jīng)建立起系統(tǒng)的古DNA提取和擴(kuò)增流程,并通過施行嚴(yán)格的“可靠性準(zhǔn)則”,規(guī)避了新技術(shù)應(yīng)用過程中常常會發(fā)生的外源DNA污染。一些大型動物博物館先后建立分子實驗室,被他“轉(zhuǎn)變”成了名副其實的基因庫。是時候回到人類遺骸這個舊的挑戰(zhàn)上了。

1996年,帕博團(tuán)隊獲得了第一個遠(yuǎn)古人類——尼安德特人的線粒體DNA序列。研究的樣本,是他們想方設(shè)法從波恩博物館弄到的一塊從尼安德谷出土的尼安德特人骨。他們從樣本中重構(gòu)了一個內(nèi)含379個核苷酸的線粒體DNA,發(fā)現(xiàn)此一序列和標(biāo)準(zhǔn)的人類序列在27個位置有差別。由兩個序列之間的差別,計算出尼安德特人在遺傳上和我們的非洲祖先分隔開的時間,至少是50萬年,其結(jié)果與化石記錄完全吻合。

2010年,帕博團(tuán)隊對西伯利亞阿爾泰山發(fā)現(xiàn)的一段小指骨進(jìn)行了DNA測序,結(jié)果發(fā)現(xiàn)了一個全新的人類亞種——丹尼索瓦人。這是科學(xué)家第一次通過遺傳方法發(fā)現(xiàn)了滅絕古人類,也是第一次完全基于DNA數(shù)據(jù)來命名一個人類物種。這個基因組也在某些現(xiàn)代人類身上留下了其印記:帕博發(fā)現(xiàn),幫助現(xiàn)代藏族人在高海拔地區(qū)生活的基因變體可能源自丹尼索瓦人。同年,帕博團(tuán)隊發(fā)表了第一個尼安德特基因組草圖——帕博戲稱4年前所立“就像科幻小說一般”的項目,第一次直接比較了尼安德特人基因組與現(xiàn)代人類的基因組。他們的研究顯示,在非洲以外的現(xiàn)代人的基因組中,有高達(dá)2%的成分來自尼安德特人,從而證明尼安德特人與現(xiàn)代人有過混血。

某種意義上說,尼安德特人沒有完全滅絕,他們的DNA仍存在于今天的人類中。(責(zé)編:李崢嶸)

標(biāo)簽: 尼安德特人 生物學(xué)家 諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎

責(zé)任編輯:mb01

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